X-Men 2: Clone Wars - это продолжение оригинальной игры X-Men 1993 года, основанной на приключениях команды супергероев Marvel, X-Men. Игра начинается с уникальной холодной заставки, позволяющей игроку начать первый уровень с случайно выбранным персонажем. Каждый персонаж обладает своей уникальной 'атакой мутантской силы', что добавляет глубину системе боя. В отличие от своего предшественника, в игре нет шкалы энергии, что позволяет выполнять неограниченное количество атак мутантской силы. Некоторые атаки даже можно зарядить для большего эффекта. Сюжет игры отражает сюжетную арку комиксов на момент разработки, связанную с техноорганической инопланетной расой, Phalanx, и борьбой X-Men против ассимиляции обитателей Земли.